Der Stiftungsrat berät den Stiftungsvorstand und die Vergaberäte der Länder in übergeordneten Belangen der Stiftung und nimmt nach außen hin repräsentative Aufgaben wahr. Zu seinen wichtigsten Aufgaben gehört die Entlastung des Vorstandes auf Grundlage des Jahresabschlusses. Satzungsänderungen kann ebenfalls nur der Stiftungsrat mit einer Dreiviertel-Mehrheit beschließen.
Die Mitglieder des Stiftungsrates sind herausragende Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens und engagieren sich in vorbildlicher Weise in Umwelt- und Entwicklungs-organisationen. Sie unterstützen die Arbeit der anderen Stiftungsorgane auch durch ihre Kontakte zu norddeutschen und internationalen Kooperationspartnern. Die Mitglieder des Stiftungsrates werden auf der Stifterversammlung für fünf Jahre gewählt: